מנו קלישר, למשל, מאמין כי השואה הייתה תוצאה מדחיית ישוע על-ידי העם היהודי וכך גם כל מכה ומכה שקיבלו במהלך הדורות. "הסיבה העקרונית לכל מכה, תהיה אשר תהיה, נובעת מדחיית ישוע כמלך ומושיע ישראל". לא פחות.
רבים מן המשיחיים לעומתו אינם מקבלים דברים מסוג זה ששורשיהם בתיאוריית ההחלפה, הנחשבת, אגב, לאנטישמית על ידיד נוצרים רבים כיום. אולם קלישר מנמק את טענותיו תוך כדי שהוא מצטט פסוקים רבים מן המקראות.
באתר האינטרנט של קהילת תפארת ישוע, מובא כי ישוע יחזור כאשר כל עם ישראל יקבל אותו. לא כולם מסכימים לכך, כי אם כן, הדרך לשיבת האדון תהיה ארוכה מדי... נו באמת, נחכה שמאות אלפי החרדים מבני ברק וירושלים יטבלו? אני זוכרת שאחד מזקני קהילת בית הלל הסביר לי פעם – על פי הבנתו מן הכתובים – כי לא כל ישראל צריכים לקבל את ישוע על מנת להיוושע. לדעתו "כמו שהפרשת חלה מקדשת את כל העיסה, כך המשיחיים מקדשים את כל ישראל" (על פי אל הרומים 11). יצוין כי גם בסתירה הנוכחית, יש לחברי קהילת תפארת ישוע ביסוס מקראי לאמונתם (מתי 23,39):
בקהילה המשיחית ברמת-גן, נשים הינן צנועות כמו חרדיות. בניגוד למה שניתן לראות לעיתים בכנסי נוער, כאן לא נראה את בנות הקהילה בשורט קצר וחלצה צמודה יוצות יד ביד עם בחור... ואם יטענו המשיחיים כי לקהילה הרמת-גנית אין סימוכין מקראים, לא יהיה בכך כדי להסביר ולהתעלם מההפקרות שיש בקשרי בנים בנות בקהילות השונות...
חילוק נוסף מתוך רבים שקצרה היריעה מלהציגם בפני הקוראים: יוסף שולם ורוס קוחרובסקי אינם מאמינים בשילוש. עבורם, ישוע הינו משיח אנושי, לא אלוהים. הוא מסביר את זה על פי פסוקי הברית החדשה ובטוב טעם.
בשנת 2002, המגזין ISRAEL TODAY הביא סקר שגילה כי כמחצית המשיחיים בישראל האמינו כמו שולם. הסקר גרם לזעזוע בקרב האחים הנוצרים התומכים כספית בקהילות ובראשיהן ודרשו הסברים. ראשי הקהילות והזקנים נפגשו בנתניה, ישבו, דנו, והכריזו על עיקרי האמונה המשיחית וכמובן ששכתבו את עיקרי וועדת ניקאה בנידון, היינו שישוע הוא 100% אנושי ובו זמנית 100% אלוהי. (במאמר המוסגר, לאחר הוועידה המשיחית קפצו מרבית משתתפיה החשובים לקניות באיקאה שלא תואמים לחיים צנועים שהם אמורים להראות למאמיניהם, ובכך זכתה הוועידה לשם "וועדת איקאה" בפי מתנגדיה).
ביד השמונה לעומת זאת כופרים גם כן בשילוש, אלא ששם מאמינים יותר באלוהותו של האדון מאשר באנושיותו. שם נתקלו בהתנגדות חריפה על כפירתם בדוגמה הנוצרית ואף הטילו חרם על הקבוצה. (כנסו כאן ליותר פרטים על הפרשה האכזרית: רדיפתם של יהודים משיחיים על ידי יהודים משיחיים אחרים)
בקהילת "השה על הר ציון" של האחים ברגר (של-השה-ברגר) מדברים ג'יבריש ומתגלגלים בטרנס על הרצפה. בקהילות רבות מסתכלים על חברי הקהילה הזו כעל משוגעים, אולם שם, מוכיחים על פי פסוקים כי אלה השפעות שמימיות, ומתעקשים כי מדובר בהתגלויות של רוח הקודש. (התופעה דומה לטקסים מוסלמיים מהזרם הסופי או של הקונדליני יוגה). ישנם גם הטוענים כי המדובר בתופעות שטניות.
האמת העולה מהדברים האלו מראה כי לא רוח הקודש מדריכה את המאמינים אלא התיאולוגיה הנוצרית שלמד כל אחד מהם בבייבל קולג' או מוסד נוצרי אחר מחו"ל, ושבו הוציא את תעודת הפסטור שלו. כל רועה מביא את "דבר ה'" מתוך מה שהוא חושב, מתוך מה שמתאים לו ומתוך מה שהוא רוצה להשמיע לחברי קהילתו... לא מן הנמנע שמי שהיה מבקר בקהילות משיחיות שונות היה בטוח שהיהדות המשיחית מורכבת מקבוצות רבות...
ולכן לא פלא שגם צצות מפעם לפעם את הדוקטרינות הנוצריות הישנות, כולל את הגרועות שביניהן.
ואולי הדרך המתאימה ביותר לסיים את המאמר הזה היא הבאת משפט מדבריו של אחד מהפנים של היהדות המשיחית, שאמר בלשונו הססגוני: "חתיכת קומבינה הם עשו עלינו!" - אני מאמינה בבורא עולם, לא בראשי קהילות ומסורות נוצריות!